​​استهل سعادة رئيس الهيئة العامة للضرائب مسيرته المهنية كمحاسب ومديراً للاستثمار، وتبوأ مناصب عديدة في مصرف قطر المركزي وهيئة الأشغال والتخطيط العمراني، واكتسب خبرة واسعة في مجال المحاسبة، والتدقيق، والتحليل المالي، وإدارة الاستثمارات.

وقد شغل سعادة السيد / خليفة بن جاسم الكواري سابقا منصب المدير العام لصندوق قطر للتنمية، المؤسسة العامة المسؤولة عن تنفيذ برامج التنمية الدولية لدولة قطر من خلال تقديم القروض والمنح للدول النامية والمنظمات الدولية المعنية. وتولى سعادته منذ عام 2014 قيادة عملية تفعيل رسالة الصندوق وصياغة استراتيجيته، وبناء قدراته المؤسسية، وبناء شراكاته المحلية والدولية، وتوفير برامجه التمويلية في مختلف البلدان النامية.

كما عمل سعادته قبل ذلك رئيساً تنفيذياً للعمليات في جهاز قطر للاستثمار، ومديراً تنفيذياً للمشاريع المشتركة والأعمال الدولية حيث أدار المشاريع الاستثمارية المشتركة والعلاقات الحكومية وأشرف على قطاع الخدمات المساندة بالجهاز. كما سبق تعيينه عضواً في مجالس إدارة شركات ومؤسسات بارزة مثل محلات هارودز، ومجموعة فولكس واجن، ومجموعة فيرمونت رافلز، وسونغ بيرد للعقارات، وبورصة قطر، وكتارا للضيافة وشركة مواصلات. كما شغل سعادته منصب رئيس مجلس إدارة البنك الإسلامي البريطاني، وشركة قطر والجزائر للاستثمار، إلى جانب عضويته الحالية في مجلس إدارة شركة تعدين ورئاسته للجنة التدقيق بها.

 كما أن لسعادته اهتمامات واسعة في مجال العمل الاجتماعي داخل دولة قطر، حيث تم اختياره سابقاً لعضوية مجلس إدارة المؤسسة القطرية للعمل الاجتماعي والتي تضم في عضويتها مؤسسات اجتماعية مثل نماء، وإحسان، والشفلح، ودريمة، ووفاق، وأمان. كما يشغل سعادته منصب رئيس مجلس مستشاري أكاديمية قطر للعلوم والتكنولوجيا، وعضو المجلس الاستشاري لمركز دراسات النزاع والعمل الإنساني، ونائب رئيس رابطة خريجي جامعة قطر، إلى جانب رئاسته لأول مجلس لرابطة خريجي مركز قطر للقيادات.

يحمل سعادة السيد / خليفة الكواري درجة الماجستير التنفيذي في إدارة الأعمال من كلية لندن للأعمال في المملكة المتحدة، وماجستير المحاسبة من جامعة ولاية كليفلاند في الولايات المتحدة الأمريكية، ودرجة البكالوريوس في إدارة الأعمال - قسم المحاسبة - من جامعة قطر. كما تخرج سعادته من برنامج إعداد القيادات في كلية هارفرد للأعمال في الولايات المتحدة الأمريكية، ومركز قطر للقيادات، واجتاز اختبار المحاسبين القانونيين في ولاية أوهايو في الولايات المتحدة.